เมื่อเวลา 12:18 น. ผู้ก่อการร้ายวางระเบิดที่ลานจอดรถของตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในนครนิวยอร์กทิ้งไว้ที่ปากปล่องกว้าง 60 ฟุตและก่อให้เกิดการล่มสลายของพื้นคอนกรีตเสริมเหล็กเหล็กหลายแห่งในบริเวณใกล้เคียงกับการระเบิด แม้ว่าระเบิดของผู้ก่อการร้ายล้มเหลวในการสร้างความเสียหายอย่างรุนแรงต่อโครงสร้างหลักของตึกระฟ้า แต่มีผู้เสียชีวิต 6 รายและบาดเจ็บมากกว่า 1,000 ราย เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ประสบความเสียหายมากกว่า $ 500 ล้านในความเสียหาย หลังจากการโจมตีเจ้าหน้าที่ได้อพยพคนออกจากอาคาร 50,000 คนซึ่งหลายร้อยคนต้องทนทุกข์จากการสูดควัน การอพยพใช้เวลาตลอดบ่าย
เจ้าหน้าที่ของเมืองและสำนักงานสืบสวนกลางแห่งสหรัฐอเมริกา (FBI) ทำการจับกุมผู้ต้องสงสัยจำนวนมากและภายในไม่กี่วันกลุ่มหัวรุนแรงอิสลามหัวรุนแรงหลายคนถูกจับกุม ในเดือนมีนาคมปี 1994 โมฮัมเหม็ดซาลาเมห์อาหมัด Ajaj, Nidal Ayyad และ Mahmoud Abouhalima ถูกตัดสินโดยคณะลูกขุนของรัฐบาลสหรัฐสำหรับบทบาทในการวางระเบิดและแต่ละคนถูกตัดสินจำคุกตลอดชีวิตในคุก ซาลาเมห์ชาวปาเลสไตน์ถูกจับเมื่อเขาไปรับเงิน 400 ดอลลาร์ที่เขาทิ้งไว้สำหรับรถตู้เช่าของไรเดอร์ที่ใช้ในการโจมตี Ajaj และ Ayyad ซึ่งทั้งคู่มีบทบาทในการสร้างระเบิดถูกจับกุมหลังจากนั้นไม่นาน อาบูฮาลิมาผู้ช่วยซื้อและผสมวัตถุระเบิดหนีไปยังซาอุดิอาระเบีย แต่ถูกจับได้ในอียิปต์อีกสองสัปดาห์ต่อมา
ผู้บงการของการโจมตี Ramzi Ahmed Yousef ถูกยิงเข้ามาอย่างมากจนถึงเดือนกุมภาพันธ์ 2538 เมื่อเขาถูกจับกุมในปากีสถาน ก่อนหน้านี้เขาเคยอยู่ในฟิลิปปินส์และในคอมพิวเตอร์ที่เขาทิ้งไว้ก็พบว่ามีแผนการก่อการร้ายซึ่งรวมถึงแผนการสังหารสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นปอลที่สองและมีแผนที่จะวางระเบิด 15 สายการบินอเมริกันใน 48 ชั่วโมง ในเที่ยวบินกลับไปยังสหรัฐอเมริการายงานว่า Yousef ยอมรับกับตัวแทนหน่วยสืบราชการลับว่าเขาสั่งการโจมตีที่ Trade Centre ตั้งแต่ต้นและอ้างว่าได้ตั้งฟิวส์ที่ระเบิดระเบิดขนาด 1,200 ปอนด์ ตัวแทนเพียงคนเดียวของเขาที่อ้างถึง Yousef กล่าวว่าเป็นหอคอยสูง 110 ชั้นที่ไม่พังทลายลงมาเป็นฝาแฝดเนื่องจากภัยพิบัติที่วางแผนไว้ว่าจะทำให้เกิดการเสียชีวิตนับพัน
Eyad Ismoil ผู้ซึ่งขับรถตู้ไรเดอร์ไปยังที่จอดรถด้านล่างเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ถูกจับในจอร์แดนในปีนั้นและนำกลับไปนิวยอร์ก ผู้ชายทุกคนที่เกี่ยวข้องมีความสัมพันธ์กับ Sheik Omar Abdel Rahman ผู้นำศาสนาชาวหัวรุนแรงชาวอียิปต์ที่ทำงานนอกเมืองเจอร์ซีย์ซิตีรัฐนิวเจอร์ซีย์ซึ่งตั้งอยู่ตรงข้ามแม่น้ำฮัดสันจากแมนฮัตตัน ในปี 1995 เราะห์มานและผู้ติดตาม 10 คนถูกตัดสินว่าสมคบกันที่จะระเบิดสำนักงานใหญ่ขององค์การสหประชาชาติและสถานที่สำคัญอื่น ๆ ในนิวยอร์ก อัยการแย้งว่าการโจมตีเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เป็นส่วนหนึ่งของการสมคบคิดดังกล่าวแม้ว่าจะมีหลักฐานที่ชัดเจนว่าข้อกล่าวหานี้ถูกนำเสนอ
ในเดือนพฤศจิกายนปี 1997 Yousef และ Ismoil ถูกตัดสินลงโทษในห้องพิจารณาคดีเพียงไม่กี่ช่วงตึกจากตึกแฝดและต่อมาถูกตัดสินจำคุกตลอดชีวิตในคุกโดยไม่ต้องรอลงอาญา มีเพียงชายอีกคนหนึ่งที่เชื่อว่ามีส่วนเกี่ยวข้องโดยตรงในการโจมตีอิรักอับดุลราห์มานสินธุ์ยังคงอยู่ในวงกว้าง
หลังจากการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯในปี 1998 ในเคนยาและแทนซาเนียนักวิจัยสหรัฐฯเริ่มสงสัยว่า Yousef มีความสัมพันธ์กับอุซามะห์บินลาเดนผู้ถูกเนรเทศชาวซาอุดิอาระเบีย เครือข่ายก่อการร้ายอัลกออิดะห์ ความจริงแล้ว Bin Laden นั้นเกี่ยวข้องกับการโจมตี Twin Tower ในปี 1993 หรือไม่ แต่เมื่อวันที่ 11 กันยายน 2019 กลุ่มผู้ก่อการร้ายอัลกออิดะห์สองกลุ่มได้เสร็จงานที่เริ่มโดย Yousef แล้วบุกชนสองสายการบินเข้าไปในหอคอยทิศเหนือและทิศใต้ของ เวิร์ลเทรดเซ็นเตอร์.
เหล็กโครงสร้างของตึกระฟ้าไม่สามารถทนต่อความร้อนอันมหาศาลที่เกิดจากการเผาไหม้เชื้อเพลิงเจ็ทและทั้งสองก็ยุบตัวลงภายในสองชั่วโมงหลังจากถูกกระแทก มีผู้เสียชีวิตเกือบ 3,000 คนในเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์และบริเวณใกล้เคียงรวมถึงนักดับเพลิง 343 คนและตำรวจ 23 คนที่ดิ้นรนเพื่อให้การอพยพเสร็จสมบูรณ์และช่วยให้พนักงานออฟฟิศติดอยู่บนชั้นที่สูงขึ้น มีเพียงหกคนในตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในช่วงเวลาที่การล่มสลายของพวกเขารอดชีวิตมาได้ คนอื่นเกือบ 10,000 คนได้รับการบาดเจ็บสาหัสมากมาย
