ในวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2440 จอห์นเจ. แมคเดอร์มอตต์แห่งนิวยอร์กชนะบอสตันมาราธอนครั้งแรกด้วยเวลา 2:55:10
บอสตันมาราธอนเป็นผลิตผลของสมาชิกสมาคมกีฬาบอสตันและจอห์นเกรแฮมผู้จัดการทีมโอลิมปิกของสหรัฐอเมริกาซึ่งได้รับแรงบันดาลใจจากการวิ่งมาราธอนในการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกครั้งแรกที่กรุงเอเธนส์ในปี 2439 ด้วยความช่วยเหลือจากนักธุรกิจบอสตันเฮอร์เบิร์ตเอช. ฮอลตัน ได้รับการพิจารณาก่อนระยะทางวัด 24.5 ไมล์จากเออร์วิงตันโอวัลในบอสตันถึงโรงสีของเมทคาล์ฟในแอชแลนด์ในที่สุดก็ได้รับเลือก
นักวิ่งสิบห้าคนเริ่มการแข่งขัน แต่มีเพียง 10 คนเท่านั้นที่เข้าเส้นชัย John J. McDermott ซึ่งเป็นตัวแทนของสโมสรกีฬา Pastime แห่งมหานครนิวยอร์กนำโดย Dick Grant นักกีฬา Harvard จากภูเขาในนิวตัน แม้ว่าเขาจะเดินหลายครั้งในช่วงไมล์สุดท้ายแมคเดอร์มอตต์ก็ยังชนะด้วยความสบายหกนาทีห้าสิบวินาที McDermott ได้รับรางวัลการวิ่งมาราธอนเพียงครั้งเดียวในสหรัฐอเมริกาเมื่อเดือนตุลาคมที่ผ่านมาในนิวยอร์ก
ระยะทางของมาราธอนนั้นเปลี่ยนไปในปี 1908 ตามมาตรฐานโอลิมปิกถึงความยาวปัจจุบัน 26 ไมล์ 385 หลา
Boston Marathon จัดขึ้นในวันชาติ Patriot ในวันที่ 19 เมษายนซึ่งเป็นวันหยุดประจำภูมิภาคที่ระลึกถึงการเริ่มต้นของสงครามปฏิวัติ ในปีที่ 19 เมื่อวันอาทิตย์ที่ผ่านมาการแข่งขันถูกจัดขึ้นในวันจันทร์ถัดไป ในปี 1969 วันผู้รักชาติได้ถูกย้ายไปอย่างเป็นทางการในวันจันทร์ที่สามในเดือนเมษายนและการแข่งขันได้จัดขึ้นในวันจันทร์ที่นับตั้งแต่
ผู้หญิงไม่ได้รับอนุญาตให้เข้าร่วมการแข่งขันบอสตันอย่างเป็นทางการจนกระทั่งปี 1972 แต่ Roberta“ Bobbi” Gibb อดใจรอไม่ได้: ในปี 1966 เธอกลายเป็นผู้หญิงคนแรกที่วิ่ง Boston Marathon ทั้งหมด แต่ต้องซ่อนตัวอยู่ในพุ่มไม้ใกล้ถึงจุดเริ่มต้น การแข่งขันเริ่มขึ้น ในปี 1967 Kathrine Switzer ผู้ลงทะเบียนเป็น“ K. V. Switzer” เป็นผู้หญิงคนแรกที่วิ่งแข่งด้วยหมายเลข สวิตเซอร์เสร็จแม้ว่าเจ้าหน้าที่พยายามที่จะลบเธอออกจากการแข่งขันหลังจากที่เธอถูกระบุว่าเป็นผู้หญิง
ในฤดูใบไม้ร่วงปี 2514 สมาคมกรีฑาสมัครเล่นอนุญาตให้มาราธอนตามทำนองคลองธรรม (รวมทั้งบอสตัน) อนุญาตให้ผู้หญิงเข้า Nina Kuscsik กลายเป็นผู้เข้าร่วมอย่างเป็นทางการหญิงคนแรกที่ชนะบอสตันมาราธอนในปี 1972 หญิงสาวอีกเจ็ดคนเริ่มและจบการแข่งขัน
ในปี 1975 บอสตันมาราธอนกลายเป็นงานวิ่งมาราธอนครั้งใหญ่ครั้งแรกในการแข่งขันรถเข็นคนพิการ บ๊อบฮอลล์ชนะในอีกสองชั่วโมง 58 นาที
