นายพลโทมัส“ สโตนวอลล์” แจ็คสันร่วมกันจับท่าเรือฮาร์เปอร์สเวอร์จิเนีย (ปัจจุบันเวสต์เวอร์จิเนียในปัจจุบัน) และทหารสหภาพราว 12,000 นายขณะที่กองทัพของนายพลโรเบิร์ตอี. ลีเคลื่อนตัวไปทางเหนือสู่แมริแลนด์

กองทหารของรัฐบาลกลางใน Harpers Ferry เสี่ยงต่อการถูกโจมตีแบบพันธมิตรหลังจากการรุกรานของแมรี่แลนด์ในเดือนกันยายน เมืองยุทธศาสตร์ในแม่น้ำโปโตแมคถูกตัดขาดจากส่วนที่เหลือของกองทัพพันธมิตร นายพลจอร์จบี McClellan ผู้บัญชาการกองทัพแห่งโปโตแมคส่งไปยังสหภาพนายพลดิกสันไมล์สผู้บัญชาการกองทหารรักษาการณ์ของเปอร์สเฟอร์รี่เพื่อยึดครองเมืองในทุก ๆ ด้าน McClellan สัญญาว่าจะช่วยเหลือ แต่เขาต้องรับมือกับกองทัพพันธมิตรที่เหลือ

แจ็คสันกลิ้งปืนใหญ่ของเขาเข้าที่และเริ่มบุกเข้าเมืองเมื่อวันที่ 14 กันยายนพวกแยงกีมีอาวุธปืนสั้นและ Miles เสนอการต่อต้านเล็กน้อยก่อนที่จะตกลงยอมแพ้ในตอนเช้าของวันที่ 15 กันยายนขณะที่นายพล Julius White ช่วยด้วย แจ็กสันเพื่อเจรจาเงื่อนไขยอมจำนนปืนใหญ่พันธมิตรคนหนึ่งยังคงยิง Miles ได้รับบาดเจ็บสาหัสจากนัดสุดท้ายยิงที่ Harpers Ferry

พวกแยงกียอมจำนนปืนใหญ่ 73 ชิ้นปืนไรเฟิล 13,000 กระบอกและทหาร 12,000 นายที่ท่าเรือเปอร์ส มันเป็นสงครามที่ยอมแพ้สหภาพที่ใหญ่ที่สุด

การล่มสลายของ Harpers Ferry ทำให้ Lee เปลี่ยนแผนของเขา หลังจากประสบความสูญเสียอย่างหนักเมื่อวันที่ 14 กันยายนในรัฐแมรี่แลนด์ที่ยุทธภูมิเซาท์เมาน์เทนไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของท่าเรือเปอร์รีฮาร์เปอร์ส์ลีตั้งใจจะรวบรวมกองทหารที่กระจัดกระจายและกลับไปเวอร์จิเนีย ตอนนี้ด้วย Harpers Ferry ที่ปลอดภัยเขาได้เรียก Jackson ให้เข้าร่วมกองกำลังที่เหลือของเขารอบ ๆ Sharpsburg รัฐแมริแลนด์ อีกสองวันต่อมาในวันที่ 17 กันยายน Lee และ McClellan ต่อสู้กับ Battle of Antietam